皰疹病毒6型被認為是多發性硬化,發熱新生兒驚厥綜合徵和傳染性單核細胞,陰性Epstein-Barr病毒和巨細胞病毒的最可能的致病因子,並且還與HHV-6腦炎相關聯。HHV-6是AIDS的輔因子,某些形式的宮頸癌和鼻咽癌。