慢性丙型肝炎的預後非常不穩定。在一些情況下,該疾病在1-3年內具有自發改善的良性過程,而在另一些情況下,轉化為肝硬化時觀察到進展。根據意大利的一項研究,135例輸血後肝炎患者中有77%發生慢性肝炎。到15年結束時,65例肝活檢患者出現肝硬化。一半的肝硬化患者出現危及生命的並發症。據日本作者報導,在輸血後肝炎發展到20 - 25年之後,肝細胞癌發展至大約30年。在美國專業醫療中心接受輸血後慢性HCV感染的患者中,該疾病是漸進性的並導致肝衰竭和肝細胞癌死亡。
一般來說,儘管有肝病的生化和組織學徵象,但預後慢性肝炎是長期的,因為它無症狀,晚期肝功能衰竭。
HCV感染與肝細胞癌的關係已在西班牙,意大利,日本和美國的研究中確立。
通過不良預後因素包括血清轉氨酶的非常高的活性,肝活檢的活動性肝硬化,“病毒載量»(HCV-PHK高電平),基因型1b和一些相關的疾病如酒精性肝病或HBV感染。干擾素治療結束後對HCV-RNA的陽性測試表明復發的可能性很高。