当小肠自身某些酶(例如肠肽酶和十二指肠酶)的活性发生变化时,就会发生肠腔消化障碍。此外,肠腔异相性、运动活性、消化底物摄入量、调节肽活性以及食物成分的变化都会干扰肠腔消化。已知多种产生调节肽的激素活性肿瘤(胃泌素瘤、血管活性肠肽瘤、生长抑素瘤等)会导致明显的消化障碍。小肠腔内食物分解障碍的典型表现形式是囊性纤维化,此时胰腺酶的活性急剧降低,分泌物的粘度受损。许多传染病和寄生虫病都与肠道水解和吸收过程的紊乱有关。
壁层和膜对营养物质的水解和吸收取决于许多因素,包括酶和转运系统的活性、黏蛋白的状态、微生物群的组成、黏膜成分的结构等。肠细胞的功能活性取决于其在绒毛上的形态、黏液壁层的状态、结构成分的特性、更新和迁移的速度、细胞分化和成熟的程度、微绒毛(糖萼)的状态。
小肠结构成分的紊乱、吸收面积的减少导致吸收不良综合征的形成,与此相关的是短小肠综合征(先天性或切除后)、乳糜泻绒毛萎缩、感染过程、贾第鞭毛虫病、接触某些药物和辐射以及双糖酶缺乏,形成严重的代谢紊乱,儿童的身体和神经心理发育受到影响。
已知与肠道循环和淋巴系统功能相关的疾病会导致吸收不良综合征。先天性淋巴管扩张症会导致蛋白质、脂质和钙通过胃肠道严重流失。