自身免疫性肝炎的病程和預後極其不同。當黃疸和虛弱發展時,該課程具有波動性和惡化情節。因此慢性肝炎的結果正在進行,除了罕見的例外,不可避免地是肝硬化。
10年生存率為63%。三分之一的患者經過2年的皮質類固醇激素治療後緩解達5年,而三分之二的患者復發並需要第二療程。隨著皮質類固醇的重新使用,會有更多的副作用。平均預期壽命為12.2歲。在疾病最活躍的前兩年觀察到最高的死亡率。當疾病被早期診斷並獲得充分的免疫抑制時,持續緩解更為典型。用皮質類固醇治療可延長患者的生命,但大多數患者最終會發展為肝硬化的末期。
絕經期婦女對最初的皮質類固醇治療有反應,但在晚些時候會出現更多副作用。
通常,HLA-B8患者年齡較小,在治療時患有更嚴重的疾病,並且更常發生復發。
早期發現的食管靜脈擴張並不常見。儘管如此,食道靜脈曲張出血和肝細胞功能不全是死亡的常見原因。