雜交過程不僅可以在凝膠上,在過濾器上或在溶液中進行,而且可以在組織學或染色體製備物上進行。這種方法被稱為原位雜交。將用熒光染料標記的DNA或RNA製劑用作探針的方法的變體稱為FISH(熒光素原位雜化)。將標記的DNA探針應用於差異著色並製備用於雜交(變性)中期染色體的製備物。染色體的預處理被用於促進探針進入基因組DNA。洗滌未結合的DNA分子和將光敏乳劑(使用放射性標記),或相應的處理(使用生物素或熒光素標記的DNA探針)的DNA序列定位於所使用的DNA探針互補後,能夠識別自身時顯微術特徵點的形式指向某些染色體的相應部分。
這種調查方法不僅可以確定染色體的隸屬關係,還可以確定所研究基因的染色體內定位。