丙型流感病毒的病毒体形状与甲型和乙型病毒相同。然而,它不仅在抗原特性上与甲型和乙型病毒不同,而且在许多其他特征上也与甲型和乙型病毒不同。丙型流感病毒的基因组由7个片段组成的单链负RNA组成,其核苷酸序列与甲型和乙型病毒的核苷酸序列有显著差异。
基因组编码1-2种非结构蛋白和6种结构蛋白。C型病毒缺乏神经氨酸酶,因此病毒体外膜仅具有一种类型的刺突,其大小与A型和B型病毒相同(高度8-10纳米,直径4-5纳米),但与A型和B型病毒不同,其位置并非随机,而是具有明显的六边形方向,彼此相距7.5纳米。这些刺突由糖基化肽gp88形成,该肽具有两种功能:血凝素和神经氨酸-O-乙酰酯酶(糖肽HE)。因此,C型病毒被另一种细胞受体——含乙酰-9-O-乙酰神经氨酸的粘肽识别。这种情况决定了C型病毒与其他类型病毒在吸附阶段不存在竞争。
丙型流感病毒在鸡胚中适应的难度远高于甲型和乙型流感病毒,并且仅在较低温度(32-33°C)下才能在鸡胚和细胞培养物中繁殖。丙型流感病毒的变异性不如甲型流感病毒。虽然丙型流感病毒不会引起大流行或大规模疫情,但它常常导致散发性流感疾病。该病的临床表现与相对温和的甲型流感病毒相同。诊断基于在鸡胚中分离病毒;也可使用免疫荧光法和其他血清学反应。